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番木瓜存在雄株、雌株和两性株,花性和株性都很不稳定,在自然情况下能自行或借助蜂、蝇授粉而结果,甚至能单性结实,但多数品种存在自花不亲和现象,有一定自花亲和性的品种其白花结实率低于异花结实率。选择适宜的品种进行人工授粉,不仅能提高番木瓜的坐果率,还可以增加单果重。蜜红的适宜授粉品种依次为马来西亚、红妃;马来西亚的适宜授粉品种依次为日升、蜜红、台农5号;台农5号适宜授粉品种依次为蜜红、马来西亚;红妃的适宜授粉品种依次为马来西亚、H升、台农5号;日升的适宜授粉品种依次为马来西亚和台农5号,马来西亚与蜜红、日升可以相互作授粉树。
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