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番木瓜多采用秋播春植的方法，也就是秋天育苗，第二年春天种植。采用这种方法的主要原因是避开番木瓜花叶病危害的高峰期，保证果园有一定的收成。
在我国南方地区，番木瓜花叶病的发病率很高，这种病对番木瓜的危害很大，植株感染了这种病后，叶片会发黄，植株矮小，生长受到抑制，轻者使果实变小、畸形、产量低，重者整株死亡。木瓜花叶病是一种病毒病，这种病毒在20～25℃的活动能力最强，也就是对番木瓜的危害最大，如果温度超过26℃，则该病会受到抑制。因此，采用秋播春植的方法，在秋冬育苗，第二年春种植，番木瓜的生长结果期大部分处于高温季节，花叶病危害较轻，到秋冬即可获得一定的产量，即使发病，此时已拿到产量，不造成大的损失，收获后可把植株砍掉，第二年重新种植。
秋播春植的第一步是播种，一般在10月中下旬至11月中旬播种，如播种时温度较低，可以让种子在32～35℃条件下保温，发芽后再播到营养袋中。播种后幼苗要注意保温，一般要盖塑料薄膜保温。到第二年3月上旬就可以种植，最迟不超过4月上旬。在天气回暖以后，越早种植越早收获，这样可以避开花叶病发病的高峰期。种植成活后，在高温高湿的条件下，加强肥水管理，当长出24～28片叶后，就开始出现花蕾，9～10月即可以收果。具体番木瓜秋播育苗的管理方法如下：
1.苗地选择：应选择地势较高、排灌方便、背北向南、阳光充足、半沙壤土的地方作育苗地。由于木瓜花叶病毒可通过昆虫和接触传染，因此苗地应选择远离旧木瓜园的地方。
2.营养杯育苗：采用营养杯育苗是防止木瓜苗折断、保证移栽后成活的有效措施。营养土最好为晒干经打成小块的塘泥和河泥，混入少许腐熟垃圾或干畜粪(肥泥比例是2：8)制成。播种前，先将营养土备好入袋。入袋时，土要稍加压实，以防定植泥头松散，影响成活。
3.适期播种：秋播适期为10月上中旬。选择高产优质、无病虫害、瓜形匀称、八成熟的番木瓜，剖取新鲜种子，搓洗去种子假膜后直接播种。每个营养杯播种2～3粒，播后即覆盖火烧土约1厘米，然后撒些碎稻草并充分淋水，7～15天后，种子便能萌发出土。
4.苗期管理：
(1)防寒保苗：秋播越冬的时间长，而幼苗在气温5℃以下容易受冻害，因而要保苗防寒。苗床要用薄膜覆盖防寒，但要注意控制膜内温度最高不能超过35℃，最低不能低于5℃。阴雨天、阴冷天不宜揭膜。在有阳光、温度高的中午，薄膜栅不能密封，也不可以全部揭开，以防温度过高灼烧死苗。
(2)水肥管理：木瓜苗组织幼嫩，根群吸收能力较弱，对水肥过多或过少都十分敏感。若遇到干旱天气，要早晚淋水。当幼苗长出2～3片真叶后，应逐渐减少淋水量，防止过湿引起烂根。4～5片真叶后，以淋腐熟粪水为主，浓度要由淡到浓。也可根外喷施植物动力2003或用0.3%～0.4%磷酸二氢钾喷施，保持叶色青绿。值得注意的是：尽量不施化肥。
5.防治病虫：木瓜苗抗病力弱，常见病害有折腰病、炭疽病等，可喷施1000倍液甲基托布津或1000倍液百菌清防治。虫害主要有红蜘蛛，可5%高效鱼藤酮3500～4000倍液防治，发现花叶病要立即拔除病株。
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