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①冷害 热带水果在不适宜的低温下出现的生理失调，通常称为冷害。番木瓜在5℃甚至一些品种在10℃下贮：藏时常 会出现冷害症状，导致品质下降，足以明显地引起消费者完全拒绝购买产品。番木瓜的冷害症状包括果实不能正常地后熟或后熟减弱，果皮绿色持久，果面凹陷，果肉不能正常转色（转黄或红），果肉组织内部积水，蔗糖停止水解为还原糖，果实受真菌侵染的敏感性增加，另外，冷害症状还应该包括腐烂的敏感表现。 如果贮藏于不太低的温度下而番木瓜遭受冷害，这可能是由于一些品种的贮藏时间过长的缘故。因为冷害是与温度和时间相关的，在较低温度下诱导冷害需要暴露的时间较短，另外，未成熟的番木瓜果实较容易遭受冷害，而在果实后熟阶段则是明显地减少冷害的一个因素。 在3/4旭颜色变化成熟时采收的苏劳品种番木瓜果实，果实能够在7℃下贮藏21天，较少成熟度的果实在低于20℃温度下便遭受冷害，并且丧失商品品质：在不同温度下贮藏番木瓜果实，发现在10℃或更低温度下贮藏番木瓜不能后熟，而在15℃下贮藏的果实则成功保持了果实的品质。其他一些研究报道，也说明番木瓜贮藏在7℃下有严重冷害发生。因此，有人推荐以12℃作为贮藏番木瓜的临界温度，贮藏期不超过2周。而在较长时间或低于12℃温度下贮藏则可能发生冷害。
②病害和虫害
a.番木瓜果实腐烂病 炭疽病 是番木瓜采后主要病害之一，由病菌引起，在果实生长期间，病菌就可以直接侵入而感染，但是却不表现出病状.因为这个时候果实几乎有完全的免疫性。在果实呼吸率大约开始跃变升高的时候，感染仍然是潜伏的。在果园中果实发育期间喷施杀菌剂，对此病不能完全控制，需要用采后热处理加以杀灭，能显著地减少疾病的发生，获得满意的控制效果。 蒂腐病 是采后番木瓜贮藏的另一个较大的问题，例如，从夏威夷运销美国本土的番木瓜的蒂腐病发病率比较高，引起显著的腐烂。通常在采收时果蒂的切割口会遭受侵入感染，也可从果实的伤口、果蒂的裂缝入侵造成感染而致果实腐烂。引起番木瓜蒂腐病最普通的是真菌Ascodhyta carivae-pa pa ya；其他病菌如Botryodiplodia theobromae，Phytophthora nidot-Iana var.parasitica等同样可以引起潜伏的果实腐烂。此外，尚有Rhizopus引起的软腐病和Chaetromium golubossum、Fusarium solami等引起的采后腐烂。
b.番木瓜采后腐烂的控制 TBZ（噻苯唑）在商业上应用于控制许多水果和蔬菜的腐烂。具体做法是把2克TBZ加入1升棕榈蜡（蜡：水为1：3）备用。在将54℃热水喷射番木瓜果实1.5分钟后。立即用吸球管每果吸放0.6毫升蜡-TBZ悬浮液，用手涂布蜡液于整个果面（可戴塑料手套保护）。这样操作使每个果获得2毫克／千克的TBZ，这个水平的残留范围通常是商业上其他水果所推荐的。处理果实在10℃下贮藏14天。然后在室温（18～23℃）下后熟5天或6天，获得对采后炭疽病、蒂腐病、软腐病等高效的控制。
c.果蝇的危害及其杀灭 危害采后番木瓜的果蝇已经发现有多种。如地中海果蝇、东方果蝇、甜瓜果蝇等。由于果蝇在番木瓜内产卵，孵化后幼虫蛀食果肉，最后穿洞离开，把果肉破坏，并引起果实发育上的缺陷，使入侵的真菌菌丝和细菌在果肉内部引起水渍病理和变色等问题。 过去，认为热水处理番木瓜可以杀菌治病，又能扑灭果蝇而起到防疫处理的作用，然而，单纯的热水处理对杀灭果蝇未必能够令人满意。可以结合其他处理进行防治。 番木瓜在47℃热水中浸果20分钟，然后用流水冷却，再后在温度不低于21℃下用8克／米3剂量的二溴化乙烯熏蒸2小时，这样的联合处理控制了果蝇，并有除去采收时由果实产生的胶乳的好处。 在进行热水处理时，如果果实温度比较低，推荐使用温度49℃的热水。虽然49℃的温度足以引起果实伤害，但是相当冷的果实迅速地降低热水的温度而达到安全水平（46～47℃）。
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