据对多种黄瓜侵染性病害的调查，种子带菌传病的约占34.6%，主要有炭疽病、黑星病、黑斑病、细菌性角斑病等，所以在播种前应进行种子消毒。
消毒方法很多，其中以热力杀菌法较好，具有操作简易、杀菌谱广、对种子安全、有利环保、节省费用等优点，适于广大农户采用。做法：先将黄瓜种子浸入室温水中预浸4小时，捞出后浸入55℃热水中，利用热力杀菌消毒15分钟，然后捞出投入凉水中冷却降温，再转入催芽或播种。注意事项是严格遵守技术要求的水温和时间。
种子处理包括种子消毒和浸种、催芽。
(1)种子消毒：种子消毒是防治多种传染性病虫害最为经济、有效的方法，是预防苗期病虫害的一项不可缺少的措施。由于种子处理用药量很少，而且离黄瓜收获期时间长，几乎不存在农药残留的问题，因此也是生产无公害蔬菜提倡使用的一项重要的措施。
①种子包衣：种衣剂中包含杀灭种传病害和地下害虫的杀菌剂、杀虫剂，以及能促进种子发芽和黄瓜生长的微量元素肥料和植物生长调节剂。现在部分商品种子在出厂前已经包衣，使用这样的种子不需要再进行消毒处理。
②温汤浸种：温汤浸种是利用干种和病菌对高温的耐受力的不同，通过高温杀死种子表面的病菌的一种方法。将干种投入55－60℃的温水中，不断搅拌，并不断添加热水，保持55－60℃的水温10分钟。温度降低到28－30℃再浸种4－6小时，淘洗干净后进行催芽。
③药剂浸种：第一，用72.2%普力克水剂或25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液，浸种20分钟，可防治黄瓜苗期真菌性病害。第二，50%福美双可湿性粉剂500倍液浸种20分钟可防治炭疽病、茎枯病。第三，用2.5%适乐时悬浮种衣剂包衣消毒不仅可杀灭潜伏在种皮的病原真菌，还可渗入种子内部，杀灭侵入种子内部的病原真菌，有效防治瓜类苗期的猝倒病、立枯病等病害。第四，为防止种子带病毒而引发病毒病，可以用10％磷酸三钠溶液浸种20分钟。第五，100万单位农用链霉素500倍稀释液浸种2小时可以防治细菌性病害。
无论用那种药剂浸种，都要在浸种后用清水把种子进行淘洗，防止造成药害发生。
（2）浸种、催芽
①浸种：经过温汤浸种或药剂浸种的种子再在25－30℃的温度下浸种4－6小时，使种子吸足其干重的50－60%的水，然后用手搓洗种皮上的粘液，清除发芽抑制物质，漂去杂质和瘪籽，并用清水冲洗干净。
②催芽：浸种后的种子用干净的湿纱布包好，外面包上拧干的湿毛巾，置于25－30℃地方催芽。每天用温水淘洗1－2次，淘洗后继续催芽，在25－30℃的温度下16－20小时即可发芽，可分批拣出已经发芽的种子播种或放置在5－8℃的条件下，等全部出齐后一起播种。
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