一、农业防治
1 注意冬剪和施肥冬季桑树休眠期间，对枝条适当剪稍，并剪除细弱枝、下垂枝、病害枝和枯枝。施足腐熟基肥，勿偏施氮肥，增施磷、钾肥，增强植株抗病能力。
2 合理春耕、覆膜和浇水3月初（桑树发芽前）深翻土壤，把病菌子囊盘埋入土中6cm以下，使孢子不能正常萌发。或覆地膜，阻止子囊盘出土，减少菌源。注意桑园水分的控制，适当延长浇水间隔期，特别是在开花期，勿使土壤和空气湿度太大。
3 避免间作易感作物许多农作物和蔬菜都有菌核病，有的能与桑树发生交互感染。其中向日葵、油菜、大豆、草莓等危险性最大。因此，果桑园不宜套种这些作物，也不宜种辣子、茄子等蔬菜，在桑园周围亦应尽量避免栽种。
4 及时摘除和清理病椹桑园里的菌核病病源是由少到多的不断积累，如果能够在早期重视，及时发现并妥善处理，就会把损失减少到最低。一般新建的果桑园，在结果的第二年就会有少量的桑椹菌核病，第三年渐多，第四年爆发。所以，从桑树开始结果就要开始注意防治菌核病。发现有病桑椹时，及时摘除，对落地的病椹更要及时清理，拿到园外集中深埋销毁，防止再浸染。这一措施是十分有效的，应坚持。
二、药剂防治
1 土壤消毒桑椹菌核病的病原主要以菌核状态在土壤内越冬，因此，当田间菌核病严重时，就必须考虑对土壤进行消毒。根据菌核病的发生规律，当气温达15℃左右，子囊盘开始出土时，是地面撒药的最佳时期。每667m2用50%多菌灵可湿性粉剂4～5kg，加湿润的细土10～15kg，掺拌均匀后撒在田间，耙入土中，可抑制菌核的萌发和杀死刚刚萌发的幼嫩芽管，防治效果很好。
2 喷药防治在桑椹始花期开始喷药，连喷3次，每次间隔约5d。可用以下药剂：50%速克灵（腐霉利）可湿性粉剂1000～1500倍液，50%农利灵（乙烯菌核利）可湿性粉剂1000～1500倍液，40%菌核净（纹枯利）可湿粉剂1000倍液，50%扑海因（异菌脲）可湿性粉剂1500倍液，70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液，50%多菌灵可湿性粉800倍液，喷洒树冠，都有良好的防治效果。每667m2用药液40kg左右，安全间隔期5～7d。每年轮换或交替使用。
