1.冻藏法：利用逐渐降低的气温使入贮的菠菜逐渐适度冻结，并在冻结的状态下冻藏直至上市。具体做法是在风障、房屋或院墙北侧遮阴部位做与风障方向相同的菜畦，畦深同菠菜高，将经扎捆预冷的菠菜在畦中顺向码两排，中间留约15厘米空隙，菜捆间不要靠的太紧，以利通风散热。然后在菠菜上覆一层细土或细砂，以后随天气渐冷，逐步覆土保持冻结状态，以不化不能深冻为度。
同时在背阴处顺向挖一条或数条冻藏沟，仅能放两排菠菜的窄沟下面可不设通风道。放8―12排菠菜的宽沟下面需挖设约20厘米深宽，两端与地面相通的通风沟，将菠菜捆根朝下排在沟内后，上面覆盖一层秸秆，以利保湿，待天气渐冷，菠菜轻度冻结后随气温逐降而分次覆盖细土或细砂，保持沟内-2―-4℃的低温。
上市前应取出菠菜放在2℃左右条件下缓慢解冻，冻结状态的菠菜，在搬运过程中，应注意避免挤压碰伤。
2.袋装自发气调冷藏法：将收获后经过整理的菠菜捆成0.5―1.0公斤的菠菜把，经过散热预冷后，装入0.06―0.08毫米厚，110×80厘米规格的聚乙烯薄膜袋中，叶片相对，根朝袋两端，每袋约15―20公斤，送到冷库菜架上平放，敞口再预冷一昼夜，然后用一直径约2厘米的圆棒插入袋口扎紧，再拔出圆棒，或松扎袋口，并使袋内留有较大空隙，封袋后置入-1―1℃温度，90%―95%相对湿度的冷库中，靠袋内菠菜自发代谢活动吸氧排碳作用，可逐渐形成一个较低氧，较高二氧化碳的气体环境，同时内部湿度条件好，可保鲜2―3个月，损耗不大。
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