微灌系统对水质的净化与处理要求较高，要求灌溉水中不含有造成灌水器堵塞的污物和杂质。
微灌初级水质净化设备有拦污栅、沉淀池等，一般设在水泵进水池的入口，在水泵出口还可以安装过滤器进一步净化水质，采用的主要过滤器有：旋转式水砂分离器、砂石过滤器、筛网过滤器、组合式过滤器。
1、旋转式水砂分离过滤器 又称离心式过滤器。(1)主要用于含沙水流的初级过滤。(2 )原理 水由进水管切向进入离心室，由旋转产生的离心力推动泥沙及其他密度较高的固体颗粒向管壁移动，形成旋流，促使泥沙进入集沙罐、清水则顺流进入出水口，即完成水砂分离。被分离的大量泥沙停留在集沙罐中，集沙灌设有排沙口和清洗口，可不间断排沙。
2、砂石过滤器 又称介质过滤器，是利用经过筛分并分层填装在容器内的砂石为介质进行过滤。这种过滤器有利于清除水中的细砂和有机质，常将它与筛网式过滤器组合安装在微灌系统的首部，组成过滤站。主要用于水库、塘坝、沟渠、河流及其他敞开水面水源中含有机物及泥沙的水质过滤。
3、筛网式过滤器 主要用于灌溉水质较好，或水质较差时与其他类型的过滤器单级或组合使用，做为末级水过滤器设备。其形式有多种，按安装方式有立式和卧式，按材质有塑料和金属，按清洗方式有人工清洗和自动清洗，按滤网形状有网式和叠片式之分。
4、组合式过滤器 根据水质处理时的需要对常用的过滤器(离心式过滤器、砂石过滤器、网式过滤器)按水质处理要求及水源水质情况进行组合使用。
