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生理病害和真菌病害是苹果贮藏期的两大类病害，有效地防治这两类病害对苹果的长期贮存、保鲜和增值具有重要作用。
一、生理病害
包括苦痘病、虎皮病和果肉褐变，该类病害的发生与果实的采收时期关系密切，适期采收是防治该类病害的重要措施之一。
苹果苦痘病主要是因为果实中尤其是果皮中缺钙造成的。除果实在生长期喷钙外，在果实采收后可用2%～4%氯化钙或硝酸钙浸果，同时注意入贮的果实前期温度不宜过高，以避免该病的大量发生。
苹果虎皮病主要是因苹果早采，成熟度不够引起的。为防治此病，在果实采收后，可用0.2‰的BHA（丁基羧基甲醚）、BHT（丁基羧基甲苯）或用0.5‰～1‰的卵磷脂浸果，浸果后尽快放入低温条件下贮藏。
果肉褐变主要是因为低温、缺氧伤害和二氧化碳中毒。这需要抓好适期采收和及早入贮，同时掌握贮藏的温度及监控，并调节好氧的浓度（2%～4%）和二氧化碳的浓度（3%～5%）。
二、真菌病害
苹果贮藏期真菌病害包括轮纹病、炭疽病、青霉病和霉心病。因这几种病害在果实生长发育期也大量发生，故除在生长期加强防治外，在采收入库前要严格选果、防止病虫果入库。
轮纹病和炭疽病采前喷50%多菌灵1000倍液或50%甲基托布津800倍液，防治效果较好，或在贮藏前用其浸泡果实，效果也较好。也可用多功能保鲜纸包果，同时贮藏期要适当降低同期温度，若用气调，应适当提高二氧化碳的浓度降低氧的浓度。
青霉病（1）入贮前2周对果库、果箱用硫磺熏蒸（每10立方米容积用100克～200克硫磺）或喷洒50%福尔马林500倍液进行消毒；（2）贮藏果实可用0.5‰～1‰莱本特或托布津或多菌灵药液浸泡；（3）贮藏温度尽量保持在1℃～2℃，并经常清除病果。
霉心病树体发芽前全树喷1～3波美度的石硫合剂，5月～6月份连续喷几次杀菌剂对苹果的霉心病都具有防治作用；在贮藏期内使果实在贮藏过程中处于5℃以下的低温，可抑制病斑向果肉的扩展。光照不足、湿度较大，昼夜温差小的地域和雨量较多的年份，苹果耐贮性下降。化肥用量过多，贮藏后期易发生虎皮病。苹果缺钙，后期苹果苦痘病，红玉斑豆病发生严重。采收前半个月，若土壤不十分干旱，不宜灌水，以免引起裂果和褐心病。适时采收，严格选果，及时预贮（采收后越早降低果温，越快达到最适贮温，贮藏效果越好。
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