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苹果黑点病菌在病果和病落叶上越冬。翌年春天产生子囊菌和分生孢子，进行初侵染。由于上年苹果摘除干净，翌年病害主要是从上年病落叶中产生。落花后10-30天的幼果易被侵染，其潜伏期为40-50天。7月上旬左右，田间植株开始发病，发病轻重与7月份降雨多少有关。去年庆阳红富士苹果黑点病多的原因就是后季阴雨多。在主栽品种中，金冠和富士发病重。庆阳是红富士的主产区之一，要产出优质高档精品果，必须重视对于苹果黑点病认识和防治。
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