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黑腐病是常见的菠萝贮藏病害，田间也可发生。
1．症状 未成熟或成熟的果实均可受害。感染先出现于果柄切端，靠切口的果面初产生暗色水渍状软斑，后扩大并互相联结，发展至整个果面，呈暗褐色，无明显边缘的大斑块，内部组织变软，水渍状部分与健康组织有明显的分界，果轴及其周围发黑，向上扩展，组织逐渐崩解，发现特殊的芳香味。后期病果大量渗出液体。
2．病原菌 为半知菌亚门丝孢纲根串珠霉属的异根串珠霉（Thielaviopsis paradoxa）。
3．发病规律 病菌以菌丝体或厚壁孢子在土壤或病组织中越冬。并借雨水溅射及昆虫传播，遇适当寄主时萌发侵入伤口危害。在贮运期间，则通过接触传染而蔓延至健果上。收获时，果柄的切口是病菌入侵的主要途径。冬菠萝遭低温霜冻，运输途中鲜果被压伤或抛伤，采收后堆积受日灼等均增加发病机会。温度23～29℃，果实黑腐发展最快。较甜的品种比较酸的品种病重。
4. 防治 根据果实成熟先后，分期分批采收。采收过程中必须轻拿轻放，绝对防止人货混载，野蛮装卸。采后防止日晒。最好24h内将果实运进工厂及时加工，或贮入7.2℃冷库内。采收时每割一个菠萝，割刀先在消毒液内浸一下，或在果实基部裂缝处滴以苯甲酸等消毒液。采后以特克多 1000mg/kg浸泡果实5min，防治效果良好，或将果柄切面浸渍含10%苯甲酸的酒精或农药抑霉唑，亦可防治黑腐病。
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