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防止豆芽烧根烂缸，要做好以下几方面措施：
一、选用新收获、无毒变的豆类培育豆芽。培育前，要清除劣粒、病粒、杂粒、颜料等，用清水淘洗，将其放入65℃水中浸1分钟（水面高出豆子15厘米），立即用清水冲洗散热至常温，滤干水后即可浸泡。
二、浸泡、淋浇水质要好。浸泡、淋洗豆子用自来水、井水、新鲜河水、禁止使用陈水、污水、盐碱含量过高的水。
三、注意调节温度。以保持在20-28℃为宜，不可过高过低，或忽高忽低。要注意经常检查，温度低时，要关紧发芽室的门窗，淋温水和盖严缸上薄膜；温度高时，要将覆盖薄膜掀开，浇淋温度稍低的水，注意勤淋浇，并浇匀浇透。
四、湿度要适宜。缸内的空气相对湿度以90%左右为宜，调节主要靠淋水解决。一般气温较高季节，每3-4小时淋水1次。气温较低的季节，每5-6小时淋水1次，此外，在豆芽生产过程中，尽量减少和避免豆粒、豆芽受伤。
五、严防细菌对培育豆芽盛器、用具的污染。每次豆芽出缸后，要用清水将盛器、用具洗刷干净，日晒杀菌后再用，如有烂芽现象，要用石灰水将容器、工具消毒。
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